CheckPointでバックアップを取った後、SDカードをPCに移すとこのようになっています。
タイトルIDとゲーム名も出てくるのでわかりやすいですね。Checkpointのフォルダ構造と用途は以下のようになっています。savesフォルダは以下にセーブ時に指定したパス付で保存されるのでわかりやすいですね。
sdmc:/3ds/Checkpoint: root path
sdmc:/3ds/Checkpoint/config.json: custom configuration file
sdmc:/3ds/Checkpoint/saves/<unique id> <game title>: root path for all the save backups for a generic game
sdmc:/3ds/Checkpoint/extdata/<unique id> <game title>: root path for all the extdata backups for a generic game
妖怪ウォッチ3のセーブデータを見ると、game1,game2の2つのファイルがセーブデータですかね、2つ保存できるので。
なんでもありの状況ですので保存する理由がない気がしますがこんなことできますよ、ってことでご紹介でした。